Οι Γιατροί Χωρίς Σύνορα ανταποκρινόμενοι στις ανάγκες που προέκυψαν από τη μεγάλη αύξηση των αφίξεων προσφύγων και μεταναστών στην Ελλάδα, ανέπτυξαν προγράμματα στη χώρα στα πλαίσια κάλυψης των αναγκών των ευάλωτων αυτών πληθυσμών. Από το 2015, σε όλη τη χώρα (Αθήνα, Ειδομένη, Λέσβος, Δωδεκάνησα κ.α.) παρέχουν ιατρική και ψυχοκοινωνική φροντίδα, διανέμουν είδη πρώτης ανάγκης και βελτιώνουν τις εγκαταστάσεις υγιεινής και την παροχή νερού στους καταυλισμούς.

Παράλληλα, το 2015 οι Γιατροί Χωρίς Σύνορα ξεκίνησαν επιχειρήσεις έρευνας και διάσωσης στο Αιγαίο, με έδρα τη Λέσβο για να βοηθήσουν τους ανθρώπους που επιλέγουν το επικίνδυνο θαλάσσιο πέρασμα από την Τουρκία στην Ελλάδα, έχοντας συμβάλλει στη διάσωση 18.117 ανθρώπων.

Το 2016 πραγματοποίησαν 72.740 συνεδρίες, εκ των οποίων 8.207 συνεδρίες ψυχικής υγείας, 3.195 συνεδρίες σεξουαλικής και αναπαραγωγικής υγείας και 61.338 ιατρικές συνεδρίες. Τον Μάιο 2016 ξεκίνησαν τη μεγαλύτερη εκστρατεία εμβολιασμού σε ευρωπαϊκό έδαφος, εμβολιάζοντας συνολικά  περισσότερα από 10.500 παιδιά, για 11 κοινές παιδικές ασθένειες, σε περισσότερες από 30 τοποθεσίες σε όλη τη χώρα.

Από το Σεπτέμβριο του 2016, λειτουργούν Κέντρο Ημέρας στην Αθήνα παρέχοντας υπηρεσίες ψυχικής υγείας και υπηρεσίες σεξουαλικής και αναπαραγωγικής υγείας και κλινική στη Λέσβο όπου εκτός από τα προαναφερθέντα παρέχουν επιπλέον φροντίδα για χρόνιες παθήσεις.

Αυτή τη στιγμή, οι Γιατροί Χωρίς Σύνορα δραστηριοποιούνται σε περίπου 20 σημεία στην Ελλάδα.